La séparation de la formation d'origine va entrainer une grande instabilité durant la suite de la carrière du groupe, puisque tous les albums suivants seront publiés avec des compositions différentes. C'est en effet entouré de tout nouveaux musiciens que Glenn Danzig va enregistrer le cinquième album Blackacidevil (1996), qui marque un tournant dans l'orientation musicale du groupe, avec un son se rapprochant du rock industriel. On peut noter la participation du guitariste Jerry Cantrell (Alice in Chains) à cet album qui recevra une critique plutôt sceptique de la part des fans.
Le sixième album du groupe, 6:66 Satan's Child, publié en 1999 avec une composition une nouvelle fois remaniée, confirmera ce virage musical, avec des éléments de doom metal et de musique électronique qui éloigneront définitivement Danzig du style commun aux quatre premiers albums.
En 2002, le groupe enregistre I Luciferi (qui sera le dernier album auquel participe Joey Castillo) avec un son très lourd et sombre, même si certains morceaux rapellent les bases mélodiques des premiers albums.
Deux ans plus tard, en 2004, le groupe publie son huitième album Circle of Snakes, avec Tommy Victor (ex-Prong) à la guitare, qui sera considéré par certains fans comme le meilleur album depuis la fin de l'ère classique du groupe.